Dockerを使ってDigitalOceanにShinyアプリを公開する
こんにちは。冷やし中華を今年になって3回食べているのですが、友人は4回食べたそうです。
先日作成した「確率分布を動かして遊ぶShinyアプリ」ですが、 おかげさまでけっこうな数のかたに見ていただいているようです。 たいへん嬉しいのですが、ShinyApps.ioに公開しているため、 すぐに「THIS APPLICATION IS CURRENTLY UNAVAILABLE」となってしまいます。
せっかく紹介していただける機会も多いので、このたびDigitalOceanで公開することにいたしました。 こちらです↓
前のURLでも見られるようにしておくつもりなので、 今後はお好きな方をごらんください。
ここからが本題です。 公開するにあたり、勉強がてらDockerを使ってみました。 ここでは、その作業手順を記しておきます。
DigitalOceanでサーバ作成
これに関してはメインではないので触れません。 僕はこちらのブログを参考にしました。
大事なのは、 Docker入りImage を選択することですね。
ちなみに、こちらのリンクからサインアップしていただけると お互いにメリットがあります。 https://www.digitalocean.com/?refcode=6dbd71c2251f
スワップを増やす
ワナがあります。このままの状態だと、メモリ不足でパッケージがインストールできないという事態に陥ります。 なので、こちらの記事を上から実行し、Ubuntuのスワップ領域を増やしましょう。
How To Add Swap on Ubuntu 12.04 https://www.digitalocean.com/community/tutorials/how-to-add-swap-on-ubuntu-12-04
Shiny用コンテナの作成
Dockerfileの作成
もうShinyアプリは完成している前提とします。
ありがたいことに、ShinyServerがインストール済のDockerイメージが公開されているので、
そちらを使わせていただきましょう。
https://registry.hub.docker.com/u/rocker/shiny/
↑のGithubリポジトリ
上記のrocker/shinyイメージだけでもShinyは動かせるのですが、 このイメージはRのパッケージが「Shiny」「rmarkdown」しかインストールされていません。
なので、rocker/shinyイメージをもとに、 自分のアプリに合わせたDockerfileを作成しましょう。
私のDockerfileは以下のようになっています。
FROM rocker/shiny:latest RUN R -e "install.packages(c('shinydashboard', 'hypergeo'), repos='http://cran.rstudio.com/')" COPY /ShinyDistributionsApp/ /srv/shiny-server/ CMD exec shiny-server >> /var/log/shiny-server.log 2>&1
FROM 句でrocker/shinyを指定し、
RUN句で僕のアプリに必要な'shinydashboard'と'hypergeo'パッケージをインストールしています。 そして、COPY句でShinyアプリのソースをコピーし、CMD句でshinyを実行しています。単純ですね。
ビルド、そして実行
Dockerfileができたらビルドします。
DegitalOcean内にログインし、適当な名前をつけてビルド。
sudo docker build -t yourname/shiny-yourapp:latest .
初回は時間がかかります。 ビルドが完了したら、-d オプションをつけ、バックグラウンドで実行します。 rocker/shinyは、デフォルトでは3838ポートをEXPOSEしているようです。
sudo docker run -d -p 80:3838 yourname/shiny-yourapp:latest
これでバックグラウンドで実行されているので、 自分のドメインやIPアドレスをブラウザに入力してみましょう。 アプリが動いているはずです。
ちなみに、大量アクセスが来た場合のことを何も考えていません。 おそらく、こちらのスライドのような対処が必要となることでしょう。
このスライドにおける方法①を試す場合、 Docker-Composeを使ってShinyとNginxのコンテナを立てることで実現可能ではないかと目論んでいます。 時期がきたら試してみます。
以上です。えんじょい。
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OSS版Drone+Vagrant+Bitbucket を試す
OSS 版 Drone がようやく動いたので、メモします。 Vagrant で Ubuntu を立てて、Bitbucket のプライベートレポジトリと連携するところまで。 今回はPython3+Django です。
Vagrant
ubuntu を使います。
vagrant init ubuntu/trusty64
Vagrantfile は以下の通りです。ふつうです。
Vagrant.configure(2) do |config| config.vm.box = "ubuntu/trusty64" config.vm.network "forwarded_port", guest: 80, host: 8080 config.vm.network "private_network", ip: "192.168.33.10" config.ssh.forward_agent = true end
vagrant を起動して入ります。
vagrant up vagrant ssh
Docker のインストール
sudo apt-get install docker.io sqlite
Drone のインストール
README に書いてある通りにインストールして起動します。
# Ubuntu, Debian wget downloads.drone.io/master/drone.deb sudo dpkg -i drone.deb sudo start drone
http://localhost:8080 にアクセスして、Drone の画面が出るか確認
ngrok
ngrok を使って、 Vagrant内で起動している Drone を外部公開する必要があります。
wget https://dl.ngrok.com/ngrok_2.0.17_linux_amd64.zip unzip ngrok_2.0.17_linux_amd64.zip
ngrok をダウンロードしたら、お好きなサブドメインを決めて、バックグラウンドで実行します。 ここでは適当に ksmzndrone とします。
./ngrok http -subdomain=ksmzndrone -log=stdout 80 > .ngrok2/ngrok.log &
https://ksmzndrone.ngrok.io にアクセスして、さっきと同じ画面になればOK。
Bitbucket の設定
コンシューマキーの登録
今回は Bitbucket のレポジトリを指定します。 まず、「アカウントの管理」→「OAuth」で コンシューマキーを登録します。
名前を適当に「drone」とし、 URLを先ほどngrokで指定したURL+「api/auth/bitbucket.org」とします。 今回は「https://ksmzndrone.ngrok.io/api/auth/bitbucket.org」ですね。
登録すると、「鍵」と「Secret」がもらえます。
これを /etc/drone/drone.toml の bitbucket の欄に記載し、 さらに「open=false」→「open=true」とします。
記載したら保存し、drone を再起動します。
sudo restart drone
アカウントの登録
https://ksmzndrone.ngrok.io を開くと、Bitbucketの設定ができるはずなので、 アカウントを登録し、レポジトリをアクティベートします。
フックの設定
その後、レポジトリの「Setting」→「フック」を開き、 POST の URL のドメインが「https://ksmzndrone.ngrok.io」になっているか確認します。 もし URL が localhost から始まっていたら、その部分を「https://ksmzndrone.ngrok.io」に変更し、 最終的に「https://ksmzndrone.ngrok.io/api/hook/bitbucket.org/****************」 となっていればOK。
Docker の設定
では、Docker の設定を行いましょう。 まず、Drone のベースとなる image を pull します。
sudo docker pull bradrydzewski/ubuntu sudo docker pull bradrydzewski/base
次に、自分のアプリのビルドに必要なものを用意します。 今回は Python3+Django ということで、 Python3 の image を用意します。
sudo docker pull bradrydzewski/python:3.3
.drone.yml
自分のレポジトリのルートディレクトリに .drone.yml を配置し、ビルドの設定を書きます。
image: bradrydzewski/python:3.3 script: - echo 'Hello, Drone!'
とりあえず今回は、ただ echo するだけの .drone.yml にしました。
実行
では、この状態で Bitbucket のレポジトリに Push してみましょう。 無事に echo されれば、OK です。
参考
- drone/drone
- Vagrant で OSS 版 drone を試す
- Vagrant で drone オープンソース版を試す(1)〜 terraform のコードを CI してインフラ CI 入門 〜
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確率分布を学ぶアプリを、shinydashboard を使って新しくしてみた & 英訳していただきました。
昨日は花粉がひどいのでShinyで遊んでいました。 一瞬窓を開けただけでハナが出たのでもう外出られません。 でもいいんです。ぼくにはShinyがありました。
shinydashboard で綺麗なShiny
以前Shinyで作成した、 確率分布を学ぶアプリ を、 shinydashboard を使って デザインやUIを一新しました!
以前のデザインより見やすく、綺麗になったと思います! shinydashboard は綺麗なデザインもさることながら、 使い方も簡単だったのでとても便利ですね。 配色のセンスが無いので青一色にしたのがぼくの残念さを物語っています。 他の人ならもっとオシャレにできると思います。
ただデザインを変えるだけなのもつまらないので、 確率分布の期待値や分散 を表示するように変更しました! 確率分布のパラメータを変更すると、きちんと期待値と分散の値も変化します。
値を表示している青色の領域は、valueBoxというshinydashboardの機能です。
カラーも多く用意されているし、アイコンも載せられるのでパッと見オシャレですね。
アイコンはなんとFont-Awesome と Glyphicons
が使用可能です。ほんとオーサムですね。
ただ、豊富に用意されすぎていて、期待値と分散にどんなアイコンを使えばよいかわからなくなりました...。
とりあえず、期待値は大事な統計量なので☆マークに、分散はばらつきっぽく↔矢印マークにしてみました。
良い候補を思いついた方は教えて下さい。
英訳していただきました
また、報告が遅れましたが、 @kaz_yosさんがこのアプリを英訳して下さいました!! ものすごく嬉しいです!ありがとうございました!!
@ksmzn あまりに感激したので英訳してみたのですが、自分のshinyapps.ioに公開させていただいてもよろしいでしょうか。大変有用な学習資料と思います。
https://t.co/7m3HtceftO pic.twitter.com/R2DvG1N7Ju
— Kazuki Yoshida (@kaz_yos) January 26, 2015
Shiny probability distribution live demo app by @ksmzn
https://t.co/lhC1NYsAxo pic.twitter.com/u4YB6vHQOP
— Kazuki Yoshida (@kaz_yos) 2015, 1月 26